実績多数！
店舗開業の"無料相談"はコチラ！

更新日：

インボイス制度とは？2026年度の改正点と対応をわかりやすく解説

インボイス制度とは？2026年度の改正点と対応をわかりやすく解説_記事画像

日々の店舗運営や開業準備において、消費税の計算と請求書の発行手続きを左右するインボイス制度。
制度の導入から月日が経つ中で、免税事業者との取引に関する経過措置の段階的な見直しが進んでいます。特に2026年度には仕入税額控除の割合が引き下げられるため、手元に残る利益への影響が避けられません。これから本格的に準備を進めようとしたとき、登録すべきなのか迷う方も多いのではないでしょうか。
今回は2026年度に控える経過措置の変更とインボイス制度の仕組みについて、個人事業主としての対応方法や判断基準を交えて解説します。

目次

インボイス制度とは？個人事業主にもわかりやすく簡単に解説

まずは、インボイス制度の基本的な仕組みについて解説します。これから開業を目指す個人事業主にとって、手元に残る利益や取引先との関係に直結する部分です。制度の全体像から順に確認していきましょう。

インボイス制度とは？

インボイス制度とは、正式名称を「適格請求書等保存方式」といい、消費税の納税額を正しく計算するためのルールです。開業に向けて様々な準備を進めるなかで、税金の話は難しく感じられがちですが、基本を押さえれば決して怖くありません。
この制度の肝となるのが「仕入税額控除」という仕組みです。事業者が国に消費税を納める際、売上にかかった消費税から、仕入れや経費で支払った消費税を差し引くことができます。これを適用するためには、国が定めた一定の要件を満たす「適格請求書（インボイス）」の発行と保存が必要になります。
裏を返せば、この適格請求書がなければ税金の負担が増えてしまうため、多くの事業者が対応を進めています。複雑に思える仕組みですが、文章だけではイメージしにくい部分も少なくありません。国税庁のサイトなどで公開されている図解や漫画を使った解説を活用すると、制度の全体像がすんなりと理解しやすくなります。

インボイス制度はいつから開始された？2026年度改正・経過措置

インボイス制度は、2023年10月1日に開始されました。いざ開業に向けて準備を進めようとすると、制度の最新ルールをどう追えばよいか迷う方も多いのではないでしょうか。
2026年度の税制改正では、制度の負担を和らげる経過措置に大きな見直しが入りました。詳しくは後述しますが、免税事業者からの仕入税額控除の割合や、個人事業主向けの新たな特例などが変更・新設されています。特に2028年まで適用される経過措置も存在するため、ご自身の事業が対象になるか、早めに要件を整理しておく必要があります。
税制の特例や適用期間は状況によって細かく分かれ、今後の見直しでスケジュールが変わる可能性もあります。まずは国税庁のウェブサイトなどを確認し、延長や変更の最新情報を把握する習慣をつけておいてください。

インボイス制度の特徴・重要性と店舗経営への影響

ここでは、インボイス制度の特徴や重要性、店舗経営に与える影響を解説します。
消費税のルール変更は、日々の売上や取引先との関係に直結する課題です。事業の土台だからこそ、まずは全体像を把握しておきましょう。

個人事業主・フリーランス・法人・中小企業への影響

インボイス制度への対応は、事業の形態によって直面する課題が異なります。ご自身の状況に合わせて、まずは何が変わるのかを整理しておく必要があります。
個人事業主とフリーランスの場合、インボイスに登録して課税事業者になるかの判断が必要です。未登録のままだと、取引先から消費税分の減額を求められたり、取引を見直されたりして売上に影響する可能性があります。登録後は新たに消費税の納税義務が生じ、確定申告の手間も増えます。
法人と中小企業は、すでに課税事業者であるケースが多いものの、取引先が免税事業者だと仕入額の消費税分を控除できません。結果として自社の納税額が増えてしまいます。また、請求書がインボイスかどうかを確認して分けて処理するため、経理負担が重くなります。
なお、3割特例法人は対象外といった細かい条件も存在します。まずは自社と主な取引先の登録状況を確認し、手元に残る利益がどう変わるのか、一度概算でシミュレーションしてみるのが安全です。

なぜ店舗経営者はインボイス制度への対応が必要なのか

飲食店やサロンを経営するうえで、経費として利用するお客様との関係性は売上を左右する大切なポイントです。法人のお客様や個人事業主が消費税の申告時に「仕入税額控除」を受けるには、インボイスの要件を満たした証明書が求められます。
もし未対応のままだと、経費で落とせないことを理由にお店の利用を控えられてしまう恐れがあります。そのため、店舗側はインボイスの登録番号や適用税率などが正しく印字されたレシートや領収書を、いつでもスムーズに発行できる体制を整えておく必要があります。
さらに、お店自身が消費税を納める際の計算でも確実な対応が求められます。日々の仕入れや経費の支払いで受け取った納品書や領収書が、インボイスの要件を満たしているか確認し、それらを適切に保存しなければなりません。まずはレジの設定や書類管理の手順を一度洗い出し、オープン後に慌てないような仕組みを作っておくのがおすすめです。

インボイス制度3つのメリット

制度への対応と聞くと、つい負担ばかりに目が行きがちです。ですが、インボイスへの登録にはお店を守り、取引をスムーズにするポジティブな側面もあります。ここでは3つのメリットについて詳しく解説します。

1.正しい消費税の計算ができる

インボイス制度に対応する大きなメリットの1つは、日々の経理作業において消費税の計算が正確かつスムーズになる点です。店舗運営に追われる中で、お金の管理にかかる手間や不安が少しでも減るのは、心強いポイントですよね。
これまでの請求書やレシートとは異なり、適格請求書では消費税を8％や10％の税率ごとに分けて記載するルールになっています。飲食店のテイクアウトと店内飲食など、異なる税率が混ざる取引であっても、それぞれの税額がひと目で把握できるようになります。
税率ごとの合計金額が明確に整理されているため、仕入先から受け取るときも、お客様へ発行するときも、税額の計算ミスを未然に防ぎやすくなります。後から数字が合わずに慌てるリスクを減らし、確定申告の負担を軽くするためにも、実務を円滑に回す土台として役立ててみてください。

2.電子インボイスの導入が認められる

インボイス制度では、電子データを用いた適格請求書などのことである「電子インボイス」の導入が認められています。
従来の紙ベースから電子データに切り替えることで、印刷代や郵送費といった経費を大きく抑えられます。さらに、膨大な紙の保管作業や探し出す手間が省けるため、事務処理にかかる人件費を削減できる点が強みです。日々の店舗運営で忙しいなか、裏方の負担を少しでも軽くしたい方にとって嬉しいポイントとなります。
導入の際、電子帳簿保存法に沿ったシステム設定や運用ルールの整備が必要です。一度仕組みを作ってしまえば、その後の業務は格段にスムーズに進みます。現在お使いのレジや会計ソフトが対応しているか、時間のあるときにチェックしておきましょう。

3.インボイスを導入していないことによる取引中断を避けられる

インボイス制度に登録する大きなメリットは、既存の取引先から契約を見直されたり、新規の取引を断られたりする事態を防げることです。
買い手側にあたる企業が「仕入税額控除」の適用を受けて税負担を正しく計算するには、取引先がインボイスに登録していることが大前提となります。
もしあなたが未登録のままだと、買い手側は支払った消費税分を控除できなくなります。結果として相手企業が納める税額が増えてしまうため、インボイス発行事業者との取引を優先するのは当然の流れです。
特に法人を相手にビジネスを展開する場合、この登録の有無が契約継続の分かれ目になる場面も出てきます。相手の税負担を増やさない環境を整えることが、これからの安定した取引関係を守る基準になっていきます。

インボイス制度3つのデメリット

インボイス制度への対応を考えるうえで、あらかじめ押さえておきたい3つのデメリットについて解説します。
経理の手間が増えることや、免税事業者との取引における注意点など、開業時の負担に関わる部分を見ていきましょう。

1.経理業務の負担が増える

インボイス制度を導入すると、適格請求書の作成や消費税の申告など、これまでよりも経理業務が複雑になるのが大きなデメリットです。日々の店舗運営で手一杯の時期に、事務作業が増えるのは気が重い部分かもしれません。
具体的には、請求書やレシートに登録番号や適用税率といった必須項目を漏れなく記載する手間が新たに発生します。さらに、受け取った領収書が適格請求書かどうかを一つずつ確認し、分けて計算する必要も出てきます。
免税事業者から課税事業者になった場合は、消費税の申告や納税の手続きも加わります。まずはレジシステムの改修や会計ソフトの導入など、業務を自動化できる仕組みを整えておくのがおすすめです。

2.仕入れ控除が減少する恐れがある

制度への対応で、特に影響が出やすいのが消費税の納付額です。仕入税額控除という、売上の消費税から仕入れ時の消費税を差し引ける仕組みが関わってきます。
取引先が免税事業者である場合、買い手側は必然的に仕入税額控除を受けられません。控除できなくなると、その分だけ自社が支払う消費税額が増えてしまいます。
事例として、売上の消費税が10万円、仕入れの消費税が4万円の場合を比較します。仕入先が登録事業者なら納付額は差額の6万円で済みます。一方、免税事業者だと控除できず、納付額が10万円に増えてしまうのです。
誰から仕入れるかで手元の利益が変わってくるのが、この制度の難しいところです。仕入れ先を選ぶ際は、単価に加えてインボイスの登録状況も確認してみてください。

3.免税事業者であることで取引を中断される恐れがある

免税事業者のままでいると、法人や課税事業者の顧客から取引を見直されるリスクが生じます。
これは、相手が仕入税額控除を受けられず、実質的な税負担が増えてしまうためです。ここで大切になるのは、ご自身の店舗がどのようなお客様をメインにするかの見極めです。
一般の消費者が中心の飲食店やサロンであれば、インボイスを求められる場面は多くありません。一方で、法人の宴会利用や経費精算を伴う取引が多い場合は注意が必要です。
目先の事務負担を減らしたい一心で未登録のまま進めると、思わぬ機会損失につながる場合があります。今後の客層や事業計画と照らし合わせ、免税事業者にとどまるべきかどうかの判断をしておきましょう。

2026年度改正で見直されたインボイス制度の税負担軽減措置

ここでは、2026年度の改正でどのような見直しがあったのか、税負担を和らげる特例や経過措置について解説します。
開業準備を進めるにあたって、ご自身の事業に適用できる制度があるか確認してみましょう。

インボイス制度の2割特例・3割特例とは

免税事業者からインボイス発行事業者になった場合の税負担を和らげる措置について、今後の見通しを確認しておきましょう。ここを把握しておかないと、数年先の資金計画にずれが生じかねません。
売り手と買い手双方の実務に影響するこの軽減措置は、もともと2026年度で終了する予定でした。しかし、今回の改正により、フリーランス等の個人事業者に限り、納税額を売上税額の3割に変更した上で、2028年度までの2年間延長されることになりました。
負担割合は少し増えるものの、原則的な計算よりは手元に多くのお金が残る仕組みです。まずはご自身の事業がこの3割特例の延長対象に含まれるかどうか、早めに要件を照らし合わせてみてください。

経過措置の改正とは

免税事業者からの仕入れであっても、一定割合を消費税の計算から差し引ける経過措置について、大きな見直しがありました。
2026年度税制改正で経過措置の適用期限が2年間延長され、控除割合も見直されたのが主なポイントです。制度の変更は日々のコスト計算に直結するため、想定外の出費で慌てないよう早めに把握しておく必要があります。
改正前は2026年10月から一律で50％控除に下がり、2029年9月末に制度自体が終了する予定でした。改正後は2026年10月〜2028年9月までは70％控除、2028年10月〜2030年9月までは50％控除となります。さらに2030年10月〜2031年9月までは30％控除となり、最終的な終了期限が2031年9月末まで延長されました。
一気に控除額が減るのを避けられるため、開業間もない時期の資金繰りにはプラスに働きます。将来の負担増を見据えつつ、まずは直近の取引先や仕入れ方針を整理しておきましょう。

インボイス制度における少額特例とは

少額特例とは、税込1万円未満の支払いならインボイス（適格請求書）がなくても、帳簿への記入だけで仕入税額控除が認められる制度です。一定規模以下の事業者に対する事務負担の軽減措置として設けられています。
日々の店舗運営では少額の買い出しも多く、レシートをすべて保管して管理するのは骨が折れる作業です。この特例を活用すれば、細々とした経費処理の手間を大幅に減らすことができます。
対象となるのは、前々年の課税売上高が1億円以下などの条件を満たす事業者で、2029年9月30日までの期間で利用可能です。開業したての小規模な店舗であれば、多くの場合この条件に当てはまるはずです。
ただし、税込1万円未満という基準の判定単位には気をつけなければなりません。商品1つあたりの価格ではなく、1回の取引における合計額で判定されます。3,000円の備品を4つ同時に買って合計1万2,000円になった場合は特例の対象外となるため、必ずインボイスを受け取っておきましょう。

インボイス制度と簡易課税制度との違い

インボイス制度は、仕入税額控除を受けるために必要な適格請求書の保存ルールです。一方で簡易課税制度は、消費税の申告に際して使われる計算方法の1つとなります。言葉の印象から混同されやすいですが、制度のルールと税金計算の仕組みという根本的な違いを押さえておくと整理しやすくなります。
簡易課税制度を選んだ場合、仕入税額控除の計算式は「売上に係る消費税額×みなし仕入率」となります。業種ごとに定められた割合を掛けて算出するため、実際の仕入れにかかった消費税額を集計する必要がありません。この手続きのシンプルさが、経理に不慣れな創業期の方にとって心強い味方になります。
つまり簡易課税制度を適用していれば、取引先から適格請求書を受け取らなくても消費税の納付額を計算できます。領収書がインボイスに対応しているか確認する作業も省けるため、日々の事務負担を大きく減らせます。今後の売上見込みや経理にかけられる時間を踏まえて、上手に活用していきましょう。

インボイス制度への対応方法・登録方法

制度の仕組みを把握した後は、いよいよ実際の準備作業に移ります。
ここからは、インボイス制度への具体的な対応方法や登録手順について解説します。
申請で慌てないよう、あらかじめ全体の流れを確認しておきましょう。

適格請求書発行事業者の登録申請に必要なものとは

登録申請の手続きに進む前には、手元に準備しておくべきアイテムがいくつかあります。作業の途中で不足に気づくと、手続きが止まってしまって余計な手間がかかりかねません。
必要なものは、後述する申請方法によって異なります。パソコンやスマートフォンからe-Taxを利用してオンライン申請する場合、準備するものは主に3つです。1つ目はマイナンバーカード、2つ目は利用者識別番号等の暗証番号、3つ目はマイナンバーカードを読み取れる端末です。
一方、書面を郵送して申請する場合は、適格請求書発行事業者の登録申請書に加え、本人確認書類の写しが必要となります。マイナンバーカードの表裏のコピー、もしくは通知カードと運転免許証などの組み合わせを同封する形です。まずはご自身がどの方法で申請するかを決め、該当する書類や端末を揃えるところから進めてみてください。

パソコンでの登録申請方法

パソコンからの申請は、画面の案内に従って入力するだけで手続きが完了します。初めての方でも漏れなく進められるため、最も手間がかかりにくい方法です。
手続きをスムーズに進めるには、事前の準備が必要です。マイナンバーカードと、それを読み取るためのICカードリーダライタ、もしくは対応するスマートフォンを手元に用意します。
準備ができたら国税庁の「e-Taxソフト（WEB版）」にアクセスし、利用に必要な16桁の利用者識別番号を取得します。専用ソフトのインストールは不要です。
ログイン後は、画面上の質問に答える問答形式で必要事項を入力していきます。指示通りに進めるだけで申請書が作成され、そのまま電子署名と送信まで完了します。
申請後はメッセージボックスに電子データで登録通知が届くため、書面のように紛失するリスクがありません。まずは手元の機器や暗証番号を確認し、実際の画面を開いてみてください。

スマートフォンでの登録申請方法

スマートフォンからの登録申請は、e-Taxソフト（WEB版）を使えば国内の個人事業主ならどこからでも手軽に進められます。パソコンやICカードリーダーをわざわざ用意する手間が省けるため、忙しい開業準備の隙間時間を有効活用できるのが嬉しいポイントです。
申請の手続きは、スマートフォンのブラウザからe-Taxソフト（WEB版）へアクセスして開始します。まずはマイナンバーカードとマイナポータルアプリを使い、画面の指示に従ってログインを済ませましょう。
ログイン後、「申請・届出」メニューから消費税適格請求書発行事業者の登録申請書を選び、氏名や事業内容などの必要事項を入力します。最後にもう一度マイナンバーカードを読み取って電子署名を付与し、送信すれば完了です。郵送申請よりも処理が早く、約1か月で登録通知をオンラインで受け取れます。

書面での登録申請方法

適格請求書発行事業者の登録申請は、パソコンやスマートフォンを使ったオンラインだけでなく、書面で手続きすることも可能です。デジタルでの操作に少し不安がある場合や、手書きでじっくりと内容を確認しながら進めたい方には、この方法が向いています。
具体的な手順としては、まず国税庁のWebサイトから専用の登録申請書をダウンロードして印刷します。書類が手元に用意できたら、氏名や事業内容などの必要事項を順番に記入していく流れです。どこから手をつけるべきか迷うかもしれませんが、申請書の項目に沿って一つずつ埋めていけば心配いりません。
書類作成の際は、手元にマイナンバーカードなどの本人確認書類を準備しておくと作業がスムーズに進みます。また、書面での申請はオンラインに比べて処理に時間がかかる傾向があるため、開業日に間に合うよう早めに郵送を済ませておくのがポイントです。郵送先は管轄のインボイス登録センターとなります。

インボイス制度について知っておくべきポイント

対応の全体像が見えてきたところで、ここではインボイス制度についてさらに知っておくべきポイントを解説します。
活用できる補助金や書類の保存義務、困ったときの相談先など、実務をスムーズに回すための周辺知識を押さえておきましょう。

インボイス制度で利用できる補助金

インボイス制度への対応には、レジの改修や会計ソフトの導入などで想定外の費用がかかることがあります。こうした金銭的な負担を軽くするため、国はいくつかの補助金制度を用意しています。早めに制度を知っておけば、資金面での不安を少しでも減らせるはずです。
代表的な支援策として、IT導入補助金や小規模事業者持続化補助金、ものづくり補助金などが挙げられます。会計ソフトやPOSレジなどの導入費用、税理士への相談費用の一部を支援する制度です。
どの補助金も、申請期間や対象となる経費に細かな条件が定められています。ご自身の店舗で導入したいシステムや必要な対策に合わせて、要件に合う制度がないか公式サイトをチェックしておきましょう。

適格請求書の保存義務

適格請求書発行事業者として登録した場合、交付した適格請求書の写しの保存が義務付けられます。電子データで提供した場合も、その電磁的記録を残さなければなりません。買い手が保存するだけでなく、売り手側にも適用される明確なルールです。
日々の店舗運営に追われていると、発行したレシートや領収書の控えの管理は後回しになりがちです。しかし、これらの保存期間は原則として7年間と法律で定められています。紙で交付したものはコピーやレジのジャーナルなどを残す必要があります。電子データで提供したものは、そのまま電磁的記録として保存します。
ここで管理の仕組みが整っていないと、後から探し出す作業に多くの時間を奪われてしまいます。現在は対応レジの自動保存機能やクラウドツールを使えば、管理の手間を大きく省くことが可能です。店舗をオープンする前に、無理なく保管できる方法やシステムをあらかじめ整えておきましょう。

インボイス制度で困ったときの相談先

制度への対応を進めるなかで、自分のお店の場合はどうすればよいのかと悩む場面も出てきます。ここで行き詰まると準備全体が遅れてしまうため、一人で抱え込まず、疑問の内容に合わせて専門の窓口を活用するのが得策です。
制度の一般的な仕組みや登録申請の手順について知りたい場合は、インボイスコールセンターが便利です。自身の個別の税額計算や詳細な手続きを確認したい場合は、国税庁相談窓口（税務署）に相談します。お店の経営全体への影響を踏まえたアドバイスが欲しい場合は、商工会や税理士を頼るのが確実です。
制度の概要を知りたいだけなら、コールセンターを活用するだけで疑問がすっきり解消することも珍しくありません。一人で悩む時間を減らし、お店の状況に合った適切なサポートを受けながら必要な手続きを進めていきましょう。

インボイス制度でよくある質問（FAQ）

制度の全体像が掴めてきても、いざ自分の事業に当てはめると細かな疑問が出てきます。
ここでは、開業を控えた方が特に迷いやすいインボイス制度のよくある質問について、順番に解説します。

インボイス制度は廃止・なくなる可能性はある？

2026年度現在、インボイス制度が廃止される可能性は極めて低い状況です。開始前から延期や中止を求める声は一部で根強くありましたが、すでに多くの事業者の間で制度の運用が進んでいます。
今後も事務負担を軽くするための特例や、運用ルールの細かな変更が加わることは考えられます。ただ、制度自体がなくなることを期待して判断を先送りするのは危険です。まずはご自身の事業に合わせた対応を検討してみてください。

インボイスに登録しないと営業できない？

インボイスの登録は任意であり、未登録でも営業自体は問題なく行えます。ただし、取引先が法人の場合は少し注意が必要です。
相手方が仕入税額控除を受けられず、今後の取引を見送られてしまうデメリットが生じる恐れがあります。また、適格請求書を発行できるのは、適格請求書発行事業者として登録した方のみに限られます。法人取引の多さを基準に、ご自身の店舗へ及ぼす影響を一度整理しておきましょう。

副業でもインボイスを登録しなければならない？

副業をしているからといって必ずインボイスに登録しなければならないわけではありません。まずは現在の状況を確認し、冷静に見極めるステップを踏むと安心です。
登録すべきかどうかの最大の判断ポイントは、取引先の状況にあります。取引先が企業や個人事業主などの課税事業者であり、適格請求書の発行を求めているかどうかが鍵を握ります。相手の要望を確認したうえで、ご自身の事業に合わせて登録を検討してみてください。

海外取引でもインボイス制度は必要？

海外取引にはインボイス制度の影響を受けるものと受けないものがあります。ここを混同すると、不要な手続きに時間を取られかねません。
商品の輸出など日本の消費税が課税されない取引であれば、インボイスの発行や保存は不要です。一方で、海外企業からWEBサービスを利用する場合など、一部の取引では消費税の処理が変わるため対応が求められます。まずはご自身の取引に日本の消費税がかかっているかを確認してみてください。

インボイス制度2026年以降の大きな変更点は？

2026年以降の最も大きな変更点は、2割特例の終了と仕入控除割合の引き下げです。支払う税金が変わってくる部分なので、今のうちから全体像をつかんでおく必要があります。
個人・法人の共通事項として、2026年10月より免税事業者からの仕入控除が80%から70%へ縮小されます。また、これまでの2割特例は2026年9月末で終わります。その後、個人には新たな3割特例が用意されますが、法人は原則や簡易課税へ移行しなければなりません。

個人経営者は自分の事業に合わせてインボイス制度への対応を判断しよう

ここまで、インボイス制度の仕組みや2026年度以降の税負担軽減措置などについて確認してきました。制度の概要は見えてきたものの、ご自身の店舗にどの特例が当てはまるのかなど、具体的な判断に迷う場面もあるはずです。
免税事業者のままでいくべきか、それとも課税事業者として登録すべきかは、主な取引先が一般消費者か企業かによっても変わります。まずは事業計画と照らし合わせながら、無理のない対応方針を一つずつ決めていくことが大切です。

canaeruは年間300件以上の開業サポート実績！

メールアドレスの登録で
開業までのサポートが完全無料で受けられます！

個人情報の取り扱いについて

メールアドレスを入力してください

＼無料会員登録でできること／
① 「日本政策金融公庫」の創業融資をはじめとする資金調達の相談が出来る！
② 開業時に必要な事業計画書の作成サポートが受けられる！
③ 店舗開業や運営に関するさまざまな疑問点・お悩みを何度でも相談可能！
※ 金融機関出身者、元飲食店オーナーら店舗開業のプロが対応します

関連記事

開業届を簡単作成！freee開業【詳しくはこちら】

無料開業相談

お店の設備いくらで揃う？料金シミュレーションはこちら

NEW最新記事
人気記事

canaeru編集部おすすめセミナー

お役立ちコンテンツ
最新情報をチェックしよう!

無料会員登録

PAGETOPへ